Yayasan Borneo Medistra didirikan pada tanggal 06 Juli 2006 berdasarkan akta notaris Indrawan Adhi Bakti, SH., M.Hum Nomor : 106 tanggal 06 Juli 2006 di Balikpapan, kemudian pada tanggal 10 September 2008 terjadi perubahan Anggaran Dasar Yayasan Borneo Medistra berdasarkan akta notaris Indrawan Adhi Bakti, SH., M.Hum Nomor : 23. Kemudian pada tanggal 05 Februari 2015 Yayasan Borneo Medistra berubah nama menjadi Yayasan Pendidikan Borneo Medistra berdasarkan akta notaris Johny Simon Lefran, SH Nomor : 03 dan sudah mendapatkan Pengesahan Pendirian Badan Hukum Yayasan Pendidikan Borneo Medistra pada tanggal 17 Februari 2015 berdasarkan SK Menkumham RI Nomor : AHU-0002404.AH.01.04.Tahun 2015. Yayasan Pendidikan Borneo Medistra pertama kali menyelenggarakan pendidikan Akademi Kebidanan Borneo Medistra Balikpapan berdasarkan SK Mendiknas RI Nomor : 56/D/O/2007 pada tanggal 23 April 2007.

Akademi Kebidanan Borneo Medistra Balikpapan (AKBMB) sudah dikenal oleh masyarakat di Kalimantan Timur khususnya di Kota Balikpapan sebagai tempat pendidikan tenaga bidan yang berkualitas sesuai dengan slogan Selangkah lebih maju serta menciptakan lulusan yang berkarakter AKBMB yaitu : Amanah, Kreatif, Berdisiplin, Mandiri, dan Bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa. Hal ini juga dibuktikan bahwa Program Studi Diploma III Kebidanan Akademi Kebidanan Borneo Medistra Balikpapan telah di Akreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada tanggal 31 Januari 2013 mendapatkan akreditasi C berdasarkan SK BAN-PT Nomor : 027/SK/BAN-PT/Ak-XII/Dpl-III/I/2013. Kemudian pada tanggal 27 Januari 2018, kembali dilakukan Akreditasi Program Studi Diploma III Kebidanan oleh Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (LAM-PTKes) dan mendapatkan Akreditasi B dengan nilai 316 berdasarkan SK Pengurus Perkumpulan Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (LAM-PTKes) Nomor : 0034/LAM-PTKes/Akr/Dip/I/2018. Untuk Instansi Perguruan Tinggi sendiri mendapatkan Akreditasi “Baik” setelah dilakukan Akreditasi oleh BAN-PT pada tanggal 23-24 Februari 2021 sesuai SK Nomor : 209/SK/BAN-PT/Akred/PT/III/2021.

Akademi Kebidanan Borneo Medistra resmi berubah bentuk menjadi Politeknik Borneo Medistra berdasarkan SK Kemendikbudristek Dikti dengan nomor 298/D/OT/2022 tanggal 6 Oktober 2022 ditetapkan di Jakarta. Dengan adanya perubahan bentuk menjadi Politeknik maka sekarang terdapat 3 jurusan yaitu D3 Kebidanan (Terakreditasi Baik Sekali” LAM-PTKes dengan SK nomor 0145/LAM-PTKes/Akr/Dip/II/2023), D4 Keperawatan Anestesiologi, dan D4 Manajemen Informasi Kesehatan.